ЗАО "МЦСТ" является правопреемником ТОО "Московский Центр SPARC-технологий (МЦSТ)", который начал свою деятельность в апреле 1992 г. на базе отделений Института точной механики и вычислительной техники им. С.А. Лебедева РАН. Созданию Центра способствовали назревающие экономические преобразования в России и тесные контакты с американской компанией Sun Microsystems, Inc.
Одним из заказчиков ЗАО "МЦСТ" в России является Правительство РФ. По его заказу разработан первый российский SPARC-совместимый микропроцессор с технологическими нормами 0,35 мкм. На базе этого микропроцессора создано семейство универсальных высокопроизводительных вычислительных комплексов «Эльбрус-90микро» различного назначения и конструктивного исполнения.
Свои разработки ЗАО "МЦСТ" ведет в тесном взаимодействии с крупнейшими научно-исследовательскими организациями и промышленными предприятиями России. Среди них такие известные предприятия, как НПО «Алмаз» и «Комета», МАК «Вымпел», ИМВС РАН, ИТМ и ВТ им. С.А. Лебедева РАН, НИИ СуперЭВМ, Рязанский приборостроительный завод, Экспериментальный завод научного приборостроения РАН (г. Черноголовка) и другие.
ЗАО "МЦСТ" установило многочисленные контакты с западными компаниями и успешно работает с ними по ряду совместных научных и исследовательских проектов. В число зарубежных партнеров ЗАО "МЦСТ" входят известные фирмы Sun Microsystems, Synopsys, Transmeta, Infineon и другие.