Была похожая проблема, поставил новый дополнительный HDD и виндос не хотел грузится(
Решил так: в биосе (мать асус) менюшка BOOT DEVICE PRIORITY в ней как я понял назначается приоритет загрузки устройств, так вот на 1st BOOT DEVICE должен быть назначен HDD с системой. У меня после замены диска переназначился автоматически на флоппи:weirdo:
Хотя мои диски все sata возможно способ и для ide сойдет.