«Дело 39» станет голливудским дебютом режиссёра Альварта, известного российскому кинозрителю по триллеру «Антитела».
Самой сложной на стадии пре-производства картины для создателей оказалась задача найти исполнительницу на роль антагониста Зеллвегер - маленькой девочки по имени Лиллит. После продолжительных кастингов в Канаде выбор пал на Джодель Фёрланд, уже известную по фильмам «Страна приливов» и «Сайлент Хилл».
Предполагается, что актёр Брэдли Купер, сыгравший в начале 2006 года на одной сцене с Джулией Робертс в спектакле «Три дождливых дня», исполнит в фильме роль любовного интереса героини Зеллвегер.
Съёмки фильма начались в Ванкувере 8 сентября 2006 года и продолжались до начала ноября.
В августе 2007 года в Лос-Анджелесе состоялись пересъёмки некоторых сцен, в том числе и финала картины. Участвовали Зеллвегер, Фёрланд и МакШейн